Ochrona gatunkowa roślin polega na prawnej ochronie rzadko występujących gatunków dziko rosnących roślin. Takich krzewów, kwiatów, drzew czy bukin nie wolno niszczyć, zrywać i zbierać. Nie wolno również niszczyć ich siedlisk, sprzedawać, kupować i przewozić przez granicę państw bez zgody Ministra Środowiska. Niektóre gatunki ziół można zbierać po uzyskaniu specjalnej zgody na przykład wojewody. Jeśli cokolwiek zagraża ginącemu gatunkowi, może zostać objęty ochroną teren na którym występuje ginący gatunek rośliny. Najstarszym chronionym prawnie gatunkiem rośliny w Polsce jest od średniowiecza Cis. Na liście chronionych roślin jest bardzo dużo gatunków. Pozycji na liście wciąż przybywa. Wiele zagrożonych gatunków rośnie w naturalnym środowisku w objętych ochroną Parkach Narodowych i Krajobrazowych czy Rezerwatach Przyrody. Dzięki tego rodzaju ochronie uratowano wiele rzadkich roślin różnego typu. Pod ochroną całkowitą lub częściową są mchy, mszaki, paprotniki, okrytonasienne i nagonasienne, drzewa liściaste i iglaste oraz rośliny wodne.